Uusikirkko-seura r.y. toteutti seuralle ensimmäisen lipun v. 1980. Lipunnaulaustilaisuus pidettiin tuolloin silloisen seuran pj. Vilho Rankin johdolla Helsingissä Kerttu Rastamon kotona. Lippu on kannustanut arvokkaassa perinnetyössä lähes 32 vuotta, ja se tullaan säilyttämään muistona menneistä vuosikymmenistä.
Aiemman lipun ollessa hieman suurikokoinen ja raskas kannettavaksi, päätyi seuran hallitus lipunkantajien toiveesta hankkimaan uuden lipun.
Käytännön syistä samalla hankittiin kaksi lippua, joista toisen sijoituspaikka on Salossa ja toisen Helsingissä. Toisen lipun naulaus suoritetaan 12.5. Helsingissä, Karjala-talolla ja vihkiminen 27.5. Porvossa Pääkaupunkiseudun uusikirkkolaisten kirkkopyhän yhteydessä.
Uuden lipun on suunnitellut seuran hallituksen jäsen, graafikko Soile Mäkipää. Mäkipää on halunnut kunnioittaa perinteitä käyttämällä aiheita, jotka viittaavat Uudellakirkolla olleisiin kirkkoihin, uskontoihin, luontoon ja elinkeinoihin. Samoin hän halusi kunnioittaa jo aiemmin tehtyä työtä. Uusi lippu noudatteleekin Olof ja Salme Eriksonnin v. -90 suunnittelemaa Uudenkirkon vaakunaa.
Kuten vaakunassakin, myös lipussa on sinisellä pohjalla apilapäinen naularisti ja alainen, yläreunaltaan aaltokoroinen hirsi, jonka alapuolella on verkonkudontakäpy hirsittäin; kaikki kultaa.
Uuden lipun naulaus ja vihkiminen suoritettiin Pekka Rädyn karjalaishenkisen kirkkokonsertin yhteydessä Salossa, Uskelan kirkossa su 15.4. Räty piti hienon ja koskettava konsertin, jossa hän esitti mm. Oskar Merikannon ja Kuulan sävelmiä, häntä säesti kanttori Hanna-Leena Keinänen. Tilaisuudessa oli läsnä noin 150 henkeä. Tervehdyspuheen piti Uusikirkko-seuran pj. Outi Grusander. Lipun vihkimisen suoritti Salon kirkkoherra, Timo Hukka.
Lipunnaulaajat järjestyksessä:
Outi Grusander, Uusikirkko-seuran puheenjohtaja
Kari Niinistö, Uusikirkko Säätiön puheenjohtaja
Riitta Orava, Turun Uusikirkko-kerhon puheenjohtaja
Maijaliisa Kalliomäki, Pääkaupunkiseudun uusikirkkolaisten puheenjohtaja
Eila Paju, Uusikirkko Säätiön asiamies
Jorma Mynttinen, Uusikirkko-seuran varapuheenjohtaja
Leena Stenberg, Uusikirkko-seuran hallituksen jäsen
Pertti Mamia, Uusikirkko-seuran hallituksen jäsen
Terttu Parkkari, Uusikirkko Säätiön hallituksen varapj.
Raimo Riski, Pääkaupunkiseudun uusikirkkolaisten varapuheenjohtaja
Merja Leppälahti, Turun Uusikirkko-kerhon hallituksen jäsen
Heikki Toivonen, Turun Uusikirkko-kerhon hallituksen jäsen
Reetta Kytönen, Turun Uusikirkko-kerhon hallituksen jäsen
Soile Mäkipää, Uusikirkko-seuran hallituksen jäsen ja lipun suunnittelija